Powinieneś prostopadłość ustawiać podczas montażu a nie przykręcić a potem mierzyć jak wyszło.
Podczas montażu sporo można podregulować.
Prostopadłość osi X do Y w płaszczyźnie poziomej w małej maszynie zmierzysz kątownikiem - ale kup kątownik odpowiedniej klasy a nie jakiś stolarski

Czujnik zegarowy na osi Z, kątownik poziomo ustawić tak, aby wskazywał zero wzdłuż wzdłuż jednego ramienia kątownika poruszając w osi Y i następnie sprawdzić co wskazuje czujnik na drugim ramieniu kątownika poruszając w osi X.
Możesz także wyfrezować prostokąt zmierzyć przekątne.
Co do pomiaru prostopadłości osi Z do płaszczyzny stołu to pomiar kątownikiem do prowadnic X nie jest miarodajny. Bo jeszcze przecież masz prowadnice Z, montaż wrzeciona, a i przechylenie możesz mieć na płaszczyźnie XZ.
Prostopadłość osi pionowej (osi wrzeciona) do stołu także zmierzysz czujnikiem zegarowym. Czujnik zamontować we wrzecionie z odsunięciem od osi obrotu wrzeciona i obracając wrzecionem czujnik przejedzie okrąg po stole i wskaże ci prostopadłość.
(zakładając, że stół masz splanowany i płaszczyzna górna stołu jest równoległa do prowadnic osi stołu).
Tak naprawdę powinieneś jeszcze zmierzyć równoległość osi wrzeciona do osi Z, bo to także ma znaczenie.
Możesz mieć prostopadłą oś wrzeciona do stołu, ale nie równoległą do osi Z i wtedy obniżając wrzeciono w osi Z będzie występowało przesunięcie w osiach XY.
Jeszcze jest ważna prostopadłość osi X do osi Y w płaszczyźnie pionowej.