Są takie karty rozszerzeń nazywa się to Mesa:
http://mesanet.com/
Kupujesz płytkę na PCI którą wpinasz w płytę główną np 5i25 albo 6i25 (w zależności od tego jaką masz płytę - robią to samo)
Do niej możesz podpiąć karty córki - do jednej karty PCI podepniesz dwie karty córki i teraz te córki wybierasz w zależności od tego co Ci potrzebne.
Ja np mam karty 7i85s - na kazdej karcie mam 4 wejścia encoderów i 4 wyjscia PWM/stepper - do kazdej córki mogę podpiąć jeszcze po jednej płytce in&out
Są też karty z wyjściami do sterowania analogowego +10 - 10 V i w innych konfiguracjach wejsc/wyjsc.
Kwestia tylko tego abyś zorientował się co siedzi w szafie i tak naprawdę można by wykorzystać wszystko co masz u siebie i mieć dwa równoległe sterowania.
MESA sprzętowo zlicza Ci pozycje encodera z częstotliwością 2-3 Mhz (nie pamiętam dokładnie) i z takim prędkościami może generować kroki.
To tak w skrócie na szybko, poszukaj na forum bo są w dziale linuxa tematy o tym.
Pozdrawiam