Przyczyny mogą być różne, ale najbardziej prawdopodobne - po nacięciu nożem teoretycznie gwint jest współosiowy, ale prowadzenie narzynki może to zepsuć. Zwłaszcza ręczne a nie za pomocą np lufki, gdyż w czasie skrawania gwint minimalnie "rośnie"(jak ciasto) bo ostrza narzynki w czasie skrawania wywołują nacisk na plastyczny przecież materiał (który stawia opór skrawania).
A jeśli narzynka pod wpływem tych sił (oporu) ma możliwość w minimalnym choćby stopniu ucieczki w tym czasie na boki, to niekoniecznie musi nacinać zwoje w osi. Spróbuj naciąć gwint do końca nożem, i porównaj bicie obu metod.
Sprawa druga to luz śruba/nakrętka, bo aby można było nakręcić nakrętkę, to jakiś zawsze musi być.
A jak dodają się te dwie przyczyny, to skutek może być jak opisałeś.. Dlatego połączenia gwintowane nie należą do najbardziej współosiowych.
(aby np połączyć centrycznie dwa wałki, stosuje się przy gwincie walcową część centrującą(czop) dwie skręcane strony wykonaną razem z gwintem w jednym zamocowaniu)

Niczym się to nie różni od gwintowania nożem od głowicy lub składanym z płytką pełną(jak do toczenia czy frezowania), tylko narzędzie inne..


Jeśli narzędzie(gwintownik) i materiał są dostatecznie sztywne, to można się pokusić o nacięcie za jednym przejściem(jak przy normalnym gwintowaniu otworu gwintownikiem)