Zamiast ruszać bazę, przykręć płaskownik precyzyjny poniżej wózków i dociśnij do niego szyny.

Jeśli są porządnie utwardzone, to frezarką tego nie ruszysz. Jedynie szlifierka. Ja bym po prostu zeszlifował fazę i połączył na styk.

Aby zminimalizować efekt wpadania kulek w fazę, połączenie nie powinno być prostopadłe. Wtedy kulki z różnych stron nie będą trafiały jednocześnie na łączenie. Trzeba też zadbać o to, żeby różnica nie była wielokrotnością szerokości kulki.
Żadnego szlifowania bym nie robił, bo tylko pogorszysz.
To są szyny czy wałki podparte?