Nie znam tego sprzętu ale poszukaj czy nie ma gdzieś w sterowniku możliwości kalibrowania osi . Sprawdź za pomocą czujnika zegarowego i sprawdzianu czy maszyna przesuwa się o wlasciwe odleglosci w obu osiach . Tzn czy np 100mm w sterowniku równa się 100 mm na stole w jednej i drugiej osi .