A nie została po drode zmieniona/zaktualizowana wersja programu?
Ja używam do niektórzych rzeczy inkscape i kiedyś używałem wersji 0.92 a potem zainstalowałem jakąś nowszą i się okazało, że zmieniono domyślny kierunek osi Y. Oczywiście da się to zmienić w ustawieniach, ale otwierając rysunek zapisany w starszej wersji, otwierał się w lustrzanym odbiciu względem osi poziomej.