Dobrze słyszeć, jak bym jednak wszystkie ścianki uziemił, albo sprawdził przynajmniej omomierzem czy są połączone ze sobą.
Dla bezpieczeństwa, nie wiadomo jak bardzo na styk jest to trafo i czy ma zabezpieczenie przed przegraniem, szkoda życia na chińską partyzantkę ^^

Nie znam się na krokowcach ^^. Mam tylko serwa DC i AC, ale ja bym zrobił tak.

Zdemontuj z frezarki cały przewód do zasilania wrzeciona (po prostu by możliwie odsunąć go od pozostałych kabli), jak będziesz testował to niech falownik i kabel idący do wrzeciona (który ma być podłączony do niego) będą możliwie daleko od sterownika.
Jeśli to pomoże to kabel zasilania wrzeciona i jakimś cudem coś sieje po kablach zasilających krokowce, a sterownik na kanale Y łatwiej głupieje.

Ten filtr co tam jest zamontowany w sterowniku to może być coś znośnego, albo całkowity syf, mi jeden taki chiński filtr tak siał na wzmacniaczu lampowym że zdążyłem go poskładać dwa razy od zera, aż się połapałem co mi robiło zamieszanie.
Może nic nie filtrować ^^
Ale wziąłbym od zacisku uziemienia na tym filtrze poprowadził przewód zakończony oczkiem idący do dolnej płyty i tam śrubką m3 z nakrętką, przykręcił do obudowy która w tym miejscy była by oczyszczona z farby. Potem z tego miejsca zrobił poprowadził bym przewody idące do przodu, tyłu i góry. Tak aby wszystkie ścianki były uziemione, albo proście przemontował bym to wszystko do starej obudowy PC.

Zasilacz impulsowy zamiast tej partyzantki do zasilania całości też by nie był zły. Ale jakie jest tam napięcie i prąd to pojęcia nie mam.

Sam falownik można podpiąć do sieci przez filtr, bez problemu dostaniesz taki na aukcji, czy giełdzie.
Do testów można spróbować zasilić falownik z innej fazy niż sterownik i PC, zmniejszy to ilość zakłóceń jakie mogły by iść liniami zasialania.

Finalnie najgłupsza propozycja testowa i tylko testowa, bo tak robić się nie powinno, odłącz uziemienie od falownika i sprawdź czy dalej jest problem.
Łatwiej było by jak by się miało oscyloskop, wtedy ładnie by się posprawdzało co i gdzie pojawia się jak falownik startuje, a tak to trzeba na czuja tykać kijem aż się znajdzie.

Co podłączasz do tego złącza poniżej gniazda zasilania w sterowniku?
Czy tylna płyta jest metalowa?
Foto: przedniego panelu, tylnego, rozepnij te opaski by było widać gdzie jaki kabel idzie, pokaż wtyczkę zasilającą falownik.

Wyprowadzenie uziemienia z filtru nie podłączone, niewiadomo czy w ogóle to trafo jest uziemione, jak i ścianki obudowy.
Bałagan w kablach.
Pewnie kanał Y to ten scalak najbliżej płytki zasilacza, więc tu łapie zakłócenia.

Co do przewodu zasilającego wrzeciono to są specjalne kable dostępne na aukcjach.
Ja gonię 1,5kW wrzeciono na kablu 4*0,75, ekranowanym do sterowania, nie jest to niby poprawne, ale przy tym jak „ujowo” sztywną mam konstrukcję to to wrzeciono nigdy nie poleci na pełnej mocy ^^
Ale problemu siedzi w pudle sterownika.

Może jakieś zdjęcia szafy/sterownika?
Coś co pokaże jak to jest połączone ze sobą.
Może jakiś błąd w połączeniach w sterowniku, tona opcji.

Ekranowanie przewodu zasilającego wrzeciono podpięte tylko ze strony falownika, czy też przy wrzecionie?
Pobierz sobie manual jakiegoś falownika siemensa V20 jednofazowego po polsku, będziesz miał tam przykłady jak i co się podłącza (tak poglądowo warto przeczytać).

Zakłócenia od falownika?
Z czego masz podłączone zasilanie falownika?
PC podłączony przez LPT, czy USB?