Z tego wynika, że problem leży po stronie sterowania.
Czy przypadkiem nie były przestawiane jakieś parametry?
Może być też wiele innych powodów (złe zbazowanie, uszkodzony czujnik, może końcówka mocy ....).
Myślę, że nie warto samemu się bawić w diagnozowanie i ewentualną naprawę, proponuję poszukać fachowca.
Na naszym forum są ludzie znający się rzeczy, ale pewnikiem jest to maszyna komercyjna więc nie liczył bym na bezinteresowną pomoc, całkiem zrozumiałe:)

oś X wpada w ostre drgania, silnik przemieniono z innym (jest ok)

Czyli na oś X został założony inny silnik i było OK?

Proszę o podanie pełnego oznaczenia silnika, z ogólnego (1FT5) nie wynika jaka jest metoda odczytu dla kąta położenia wirnika.
Czy silnik był rozbierany (naprawa, wymiana łożysk itp.)?