U mnie wszystko działa jak należy nie ważne jaki naddatek i ile na przejście. Sprawdź czy wszystko dobrze przepisałeś i w dobre miejsce.
W samym kodzie też nie widzę błędu:
10 - jeżeli Q1>0 to skok do 12 i zostaje to co jest
11 - jeżeli Q1 nie było większe od zera to w tej linijce jest zerowane
przez tą parę nie może przejść Q1<0, a do końca przejścia nie ma żadnych więcej przeliczeń.

Starałem się zrobić to w jak najmniej inwazyjny sposób, więc doszły 3 linijki.

0 BEGIN PGM planowanie MM
1 BLK FORM 0.1 Z X-100 Y-100 Z-100
2 BLK FORM 0.2 X+100 Y+100 Z+10
3 TOOL CALL 20 Z S800 F111
4 L X+50 Y+100 Z+200 FMAX M0
5 FN 0: Q1 =+3
6 L Z+Q1 F1500 M3
7 LBL 1
8 FN 0: Q2 =+2 ;ILE NA RAZ
9 FN 2: Q1 =+Q1 - +Q2
10 FN 11: IF +Q1 GT +0 GOTO LBL 2
11 Q1 = 0
12 LBL 2
13 L Z+Q1 F500 M3 M8
14 L X+50 Y+0 F500
15 CC X+0 Y+0
16 C X+50 Y+0 DR-
17 L X+50 Y+100 F2000
18 FN 11: IF +Q1 GT +0 GOTO LBL 1
19 LBL 0
20 L Z+200 FMAX M0
21 STOP M30
22 END PGM planowanie MM

A teraz tłumaczę. Funkcja warunkowa na końcu przejścia nie jest najlepszym pomysłem. Jak na końcu warunek nie jest spełniony leci kolejny raz od nowa, a jeżeli w przeliczeniach na początku wyjdzie za dużo to i tak pojedzie i jest lipa. Dodałem na początku sprawdzanie i jeżeli jest nie dojechane to przeskakuje, a jak już by leciał za daleko to Q1 się wyzeruje i przejdzie ładnie po dnie.