Pół milimetra przesunięcia przy wiertle 3mm? I wiertło się nie złamało? Musiałeś coś naprawdę nieporawnie zrobić (np.wiertło było niesymetryczne a ty "celowałeś" patrząc z boku).
Co do naprawy - jeśli nie masz dostępu do frezarki może zaspawać otwory (albo wlutować na twardo kawałki podobnej stali).
Następnie wytrasować nowe punkty i wywiercić krótkim wiertłem (din 1897 bodajże) albo - jeszcze lepiej - nawiertakiem nc.