Jeżeli maszyna idzie w Y to powinien limit wyjść na Y a nie na Z.

To mi bardziej wygląda na zadziałanie krańcówki a nie na softlimit bo w tym wypadku miałbyś już alert przy uruchamianiu programu. W dodatku krańcówki limitu mogą być na jednym wejściu dlatego limit na Y wywala błąd na Z. To chyba bardziej mechaniczna awaria.
Po tym komunikacie sprawdź po prostu, czy krańcówka limitu czasem nie zadziałała. Jak to możliwe w połowie stołu to mi ciężko sobie wyobrazić.
Zrób to bez uruchamiania programu po zreferowaniu ruszając poszczególnymi osiami w limitach stołu.

A "robisz referencję" na początku (zjazd na home)? Od tego miejsca sterownik liczy softlimity które masz gdzieś w ustawieniach.
Ale bez bazowania chyba nie da się w piko uruchomić programu więc stawiam, że masz źle limity ustawione.