W machu w zakładce baz nie masz czasem G54 przypisane z jakimś offsetem? Tam też wyzeruj dla pewności.

Uziemienie silnika wreciona może sprawdź ? Skoro na wyłączonym chodzi dobrze .

Próbowałeś zamienić miejscami sygnał step od tego sterownika ? Może jest na odwrót i gubi kroki. W mach 3 masz proste generatory do koła / kwadratu weź może z nich skorzystaj.

Spróbuj na najprostszej płytce z lpt zamiast tego nvuna?