Wrzeciona szczotkowe nie są sterowane falownikami.

Źródłem jest falownik. Wrzeciono nie ma w sobie nic co by generowało zakłócenia.
Wrzeciono jedynie promieniuje zakłócenia generowane przez falownik.
Zakłócenia mogą też być promieniowane przez przewody.
Ale żeby jakieś zakłócenia były, to musi być prąd. Odłączając wrzeciono sprawiłeś że falownik pracuje bez obciążenia, czyli nie daje prądu.
Wykluczyłeś jedynie że zakłócenia nie są napięciowe (napięcie falownik daje zawsze, tzn. PWMa na wyjściach).

Jak tylko tuxcnc skomentuje że napisałem same bzdury, i będziemy mogli myśleć co dalej zrobić z Twoim problemem.
Na początek napisz jak długie są przewody, i czy są ekranowane.