Może być następująco :
Ad 1. Rysunek jest automatycznie przesuwany tak, żeby był jak najbliżej osi X i Y. Może być to gdzieś w ustawieniach lub taka uroda programu. Najprostszym sposobem żeby sobie z tym poradzić, jest stawianie na każdej warstwie/kolorze znacznika, na przykład koła lub krzyżyka o małej średnicy w punkcie X_zero,Y_zero, wtedy wszystkie warstwy/kolory będą przesuwane tak samo.
Ad 2. Zapewne cięcie jest realizowane jako wielokrotne grawerowanie. Też albo gdzieś się to ustawia, albo taka uroda programu.

Ogólnie, to takie przyjemności są wyłączną domeną artystów używających Corela i nakładek na niego.
Inżynierowie używają programów CAD/CAM i takich problemów nie mają.