Prawdopodobnie chodzi o to że masz takie samy nazwy części w złożeniach i po ponownym otwarciu głównego złożenia SolidWorks się gubi.

Ja jak coś wczytam z pliku STP i jest to złożenie, to zapisuję to złożenie jako część. Tworzy mi się wtedy część złożona z brył. Pozwala mi to trzymać porządek na dysku (jest mniej plików). Musisz mieć koniecznie złożenia? Ja zostawiam złożenia jeśli mi na tym zależy, np. jak zaimportuję model siłownika bo wtedy chcę sobie dodać wiązania i mieć ruchomy siłownik.

Jeśli koniecznie chcesz mieć złożenia to poszczególne części w tych złożeniach pozapisuj sobie pod innymi nazwami.