Można i takie kroki podjąć, łącznie z wymianą na lepszy komputer. Tylko po co, skoro dotychczas na obecnym systemie - wersji działało. Za dużo kombinowania na raz.
Jakim cudem zwarcie na e-stop miałoby uszkodzić płytę?

Elektronik ze mnie żaden, więc jak zmierzyć nie wiem - prawidłowo. Oscyloskop pewnie by pomógł.
Nie sądzę, żeby dwa różne porty były tak samo niesprawne. Przeinstaluj może Macha, wgraj od nowa sterowniki.
Jak pisałem, u mnie podobny problem był z zupełnie nową płytą. Wymieniłem i od razu zagrało. Co jej dolegało - nie wiem do dziś.

Reinstalka może pomoże, może nie.
Najpierw sprawdź, czy masz sygnały na wyjściu z płyty SSB. Potem poprwaność połączenia ze sterownikami silników, na koniec podłączenie silników do sterowników - zgodność faz.
P.S. Masz port LPT 'normalny' na płycie głównej kompa "?

U mnie podobny problem załatwiła dopiero wymiana płyty.