romgol pisze:3.Po odłączeniu kabelka zasilania +5 V między płytą główną SSK MB 02 a sterownikiem SMC139 silnik kręci tylko w jedną stronę.

To oznacza iż nie ma 5V tylko coś znając życie około 3 - i to jest przyczyną wszystkiego.
Woltomierz i będzie wszystko jasne.
Zasilenie opto z zewnętrznego 5V powinno rozwiązać sprawę .
Mach3 nie jest tu niczemu winien - a wręcz nowsze wersje działają sprawniej.