Wyślij mi w takim razie swój plik. Zobaczę, o co chodzi.

Zwróć uwagę, że po utworzeniu warstwy musisz ją "wybrać", czyli kliknąć na niej (jej nazwa pojawia się po prawej stronie na palecie warstw). Jeśli tego nie zrobiłeś wszystkie obiekty, które rysowałeś są nadal na warstwie bazowej.

Szczerze powiem, nie do końca rozumiem o co Ci chodzi?

Jak rysujesz obiekt na kolejnej warstwie, to przechodzisz najpierw na nią (wybierasz ją)? Czyli tak, obiekty na warstwie bazowej zachowują się inaczej niż na innych? Sprawdziłem to przed chwilą u siebie, wszystko działa mi OK.