Moim zdaniem ten "breakout board" do sterownika w ten sposób:

Minusy wszystkich 3 sygnałów w sterowniku połączyć i do N danej osi. D, S, E odpowiednio do plusów DIR, PUL, ENBL. Te dodatkowe rezystory R w środku raczej są zbędne bo ten sterownik najwyraźniej już ma jakieś rezystory na wejściach.
Nie wiem czy ten interfejs wymaga dodatkowego zasilania czy tylko z usb. Do sterownika na pewno należy zasilania podłączyć (24 do 80V).
Pulse/Rev to raczej wg uznania i potrzeb.