W protelu mozna to zrobic tak.

Klikasz prawym w oknie dokumentow i wybierasz new->cam configuration output.
Tam potem otwierasz ten plik i wizard prowadzi przez ustawienia. jednym z krokow jest poprawne ustawienie layerow.
Coppercam porzebuje rzecz jasna top layer i/lub bottom layer, keepout layer do wyciecia plytki.
W ktoryms z krokow wizarda sa opcje generowania "drill drawing plots" trzeba je zaznaczyc.
Potem tylko prawym na cam config output i generate gerber files.

Po wczytaniu pliku gerbera np. gtl lub gbl mamy do dyspozycji punkty wiercenia.

Mam nadzieje ze nie zagmatwalem za bardzo:)

pzdr
Piotr