Dużo zależy od wersji oprogramowania... większość starszych maszyn za znak końca linii uznaje LF (heksadecymalnie - 0A), zdarzały się cuda, które uznawały szesnastkowe EF, lub FF... Windows standardowo używa kombinacji CR LF (# 0D 0A). Jeżeli (a duże prawdopodobieństwo, że tak) to jest przyczyną, to pozostaje ci kilka rozwiązań: Notepad++ (z odpowiednimi ustawieniami), edycja za pomocą Hexedit (zastępowanie kombinacji CRLF samym LF), ewentualnie pisanie pod Linuxem (można postawić w VirtualBoxie na Windowsie).