Przy takiej prędkości nie powinien gubić kroków. Zwiększ prędkość do takiej, przy której silnik stanie. Potem ustaw połowę tego jako max.

Przy takich silnikach i skoku to też nie jest wyczyn. Chińska CNC 3018 na silnikach 0,3Nm wyciąga 3000.

240mm/min to jest żółwie tempo, przy tej śrubie to 48 rpm, a w osi Y 5 rpm.

PWM --> PUL+
GND --> DIR-, PUL-, GND

ENA zostaw bez podłączenia
DIR+ raz do GND, raz do +5V

Jest lepiej, ale nie powinno być żadnych różnic. Niemożliwe, żeby we wszystkich osiach silniki nie dawały rady, zwłaszcza że są i tak mocno przewymiarowane. Problem jest w komunikacji i zakłóceniach.

W sumie, to miałem się pytać autora, skąd ma te dane.
Ja je rozumiem tak:
1. bazuje frez do jakiegoś stałego elementu
2. zeruje pozycję
3. Zapuszcza program, który ma powrócić do pozycji pierwotnej
4. bazuje ponownie do tego samego elementu, ale bez zerowania
5. To co widać, to różnica

A pro po kabli, to one też mogą dawać błędy gdy się zginają. Spróbuj zrobić testy każdej osi osobno.

Lepiej 5V. Z dowolnej ładowarki do telefonu. To zależy ile można podać na wejście sterownika.

Sprawdziłem i na wyjściu jest prawie takie napięcie jak zasilania. Oczywiście można zrobić prosty dzielnik z dwóch rezystorów, jeśli sterownik wymaga mniej.

Ten sterownik ma kilka trybów. Podstawowy to generator PWM. Ustawia się częstotliwość i wypełnienie.
Drugi tryb to generator impulsów. Podaje się czas trwania impulsu wysokiego i niskiego oraz ilość impulsów (max 9999). Potem naciskasz start, oś jedzie. Zmieniasz kierunek i znowu start. Mam taki i działa.

Ale nawet w menu jest podpowiedź 1-5 µs dla step dir. To jest długość impulsu sterującego. Ustaw przynajmniej 1 µs.

Niestety do porządnego sprawdzenia potrzebny jest porządny multimetr lub miernik stanów. Taki, który potrafi zliczyć impulsy.

Natomiast żeby potwierdzić lub wyeliminować problemy z silnikami, trzeba pozbyć się komputera. Zamiast niego podaj ja sterowniki sygnał z czegoś takiego https://www.gotronik.pl/sterownik-pwm-3 ... -7847.html
Ręcznie zmieniając kierunek możesz przetestować każda oś osobno. Ma zawsze wrócić w to samo miejsce.

Można też zrobić przyrząd do testowania na Arduino.