Jak odpalasz jakiś stary gcode to masz taką samą sytuację? Może zmieniłeś jakieś ustawienia w Fusion 360 przy generowaniu programu (posprocesor etc.)? Wrzuć też kawałek swojego Gcodu żeby go przeanalizować.

Btw. nie wiem czy dobrze zrozumiałem twój opis jak ustawiałeś wcześniej oś Z. Przekręcałeś śrubę trapezową ręcznie tj. fizycznie kręciłeś nią ręką? Jeśli tak, to polecałbym Ci jednak się zainteresować ustawianiem zera detalu, bazowaniem maszyny itd.