Masz tam gniazdo scsi też?

Pitolenie.
Kwestia znalezienia odpowiedniego narzędzia, zresztą sklonowanie bajt po bajcie jest dostępne chyba w każdym sofcie, a sklonuje dysk bez pytania o flagin czy inne bzdety.

No i?
To, że winda nie rozpoznaje systemu plików, to nie znaczy, że nie da się go skopiować.

Clonezilla jest oczywiście w wersji na windoze i działa.
Jest też darmowy active disk image, mały, lekki, prosty w obsłudze.
No i oczywiście nieśmiertelny ghost, ale to już nie darmowe