Ale że jaki w tym widzisz problem?

Tak, da się zapisać wszystkie pliki w tym samym folderze, i nawet jest to wskazane, aczkolwiek nie dzieje się to z automatu, tzn. Solidworks zapisuje pliki w ostatnio uzywanej lokalizacji, więc póki zapisujesz wszystko po kolei nie będzie problemu, ale jak utworzysz sobie np część z toolboxa, albo w międzyczasie otworzysz jakiś projekt z innej lokalizacji, to musisz sprawdzić gdzie aktualnie tworzony plik się zapisze.
Ale zawsze można przenieść plik do katalogu gdzie powinien się znaleźć.