Jak masz CSMIO, to do tego są całe schematy podłączeń na stronie producenta, ciężko cokolwiek tam zepsuć.

U siebie mam 3 krańcówki na każdej z osi służące do bazowania, odpalasz maszynę dajesz Ref All Home, maszyna się bazuje (na krokowcach nie ma pomiaru położenia). Na zbazowanej maszynie możesz włączyć Soft Limits (bez bazowania się nie da), dajesz sobie z 5mm zapasu od końca, wprowadzasz te położenia... i tyle. Działam tak od lat bez problemu. Dodatkowo Mach3 przy wczytaniu programu analizuje go, czy nie wykracza poza zakres - pojawia się wtedy okienko czy kontynuować, bo program przekracza zakres osi.