W oknie konfiguracyjnym macha ustawiasz "prędkość jądra" ->
W oknie diagnostyka masz "pulse frequency". ->
Zdaje się że obie wartości powinny się pokrywać (w jakiejś tam tolerancji).

A sprawdzałeś czy sterowanie wystawia właściwą ilość impulsów?

A jakim programem kolega steruje?