Korzystasz z FluidNC?
https://github.com/bdring/FluidNC
Jeśli tak, to masz parametr mpos_mm który odpowiada za pozycję jaka jest ustawiona po bazowaniu danej osi.
https://github.com/bdring/FluidNC/wiki/ ... tup#homing
Napisz z czego korzystasz i pokaż jakie masz aktualnie ustawienia. Nikt z palca ci ustawień do twojej maszyny nie wywróży.