Bez oscyloskopu trochę ciężko ale można pokombinować.
A multimetr chociaż masz?
Trzeba sprawdzić, czy w momencie, gdy silnik krokowy ma pracować, pomiędzy pinami ENA- i ENA+ występuje potencjał (multimetr albo diodka LED) i czy jest wystarczający. Tak samo na DIR i STEP.
Jak program w tym momencie ma się wykonać bezwarunkowo to programu nic nie zakłóci. Więc albo masz w sofcie bajzel i jest jakiś warunek albo w momencie gdy silnik pracuje nie działa coś pomiędzy mikrokontrolerem a silnikiem krokowym (przewody, zasilanie, sterownik, ...). Pamiętaj, że port mikrokontrolera ma ograniczoną wydajność prądową.
Pokaż schemat, będzie łatwiej znaleźć gdzie jest błąd.

Jaki jest sterownik do silnika krokowego?
Może program się wykonuje ale sterownik silnika krokowego się wiesza. Czasami bywa tak, że połączysz jakąś komunikację np. bez masy i nieraz działa (przez pojemności gdzieś się zamyka) ale jak dojdzie jakieś obciążenie czy zakłócenia to przestaje działać. Sprawdź połączenia między mikrokontrolerem a sterownikiem silnika krokowego.