Mozna to zrobic na kilka sposobow.
Mozn uzywac innych kolorow powierzchni, i zaznaczasz co ma byc obrabiane, a co nie.
Mozna zrobic powierzchnie zabezpieczajaca na innej warstwie i ja wlaczac/wylaczac wedlug potrzeby. Oczywiscie wtedy nie mozesz wybierac wszystkich powierzchni (All surfaces) tylko, te, ktore cIe interesuja.
Mozna zrobic ograniczenie przez linie na wewnetrzna kieszen i wtedy obrabiasz wewnatrz ograniczenia.

robisz sobie kontur/polilinie o gabarytach x,y, twojej kostki, wybierasz w mastercamie Surfaces Rough>pocket> All>surfaces>Done, wskazujesz ograniczenie z konturu wyzej.
Tworzysz narzdzie jakim chcesz pracowac, wpisujesz parametry, 2 zakladka wpisujesz naddatki na powierzchniach, 3 zakladka typ prowadzenia sciezki i zaglebiania, oraz glebokosci startowa i koncowa. Done