triera pisze:przy 5V moc użyteczna będzie znikoma, przynajmniej 12V

Moc silnika a dokładniej moment statyczny silnika przy prawidłowo wykonanym sterowniku z czoperem jest stały bez znaczenia na napięcie zasilania (po to właśnie jest czoper)

Jeśli oczywiście kolega "kamikaze99" będzie chciał wykonać prosty sterownik, który nie będzie potrzebował dużej prędkości zastosowanie czopera może być zbyteczne.
Wadą tego rozwiązania będzie spadek momentu wraz z wzrostem prędkości obrotowej kiedyś sprawdzałem silnik na pracy na tzw. napięciu znamionowym (3,3V i 2A) to powiedzmy dla mnie do wykożystania były obroty do 120obr/min. Później silnik zaczynał gubić kroki.
Jeśli układ będzie dobrze zaprojektowany to nie musisz się obawiać straty jakiegoś impulsu (w drukarkach chodzą silniki krokowe i nie gubią kroków) i nie mają enkoderów.

Dokładnie tak.
Ustawienie silnika na stałą prkość bo domyślam się że nie będzie ci potrzebna zmienna prędkość przesuwu.

Ad1) Moc silnika musisz dobrać do zakładanych obciążeń czyli sposobu prowadzenie karetki, skoku śruby, tarcia i luzów na nakrętce.
Co do zasilania to można silnik krokowy zasilać jawet z 2V przy czym im większe jest napięcie tym szybciej można nim obracać.
Ad2)Co do sterowania to zależy jak dokłady chcesz mieć układ (sterowanie pełno czy pół-krokowe można zrobić samemu nawet na Atmelu) przy większym podziale kroku radze zasosować coś dedykowanego pod silniki krokowe.
Ad3)Co do enkodera to nie jest on potrzebny przy silniku krokowym, ale przy silniku prądu stałego jest on konieczny.
Ad4)Proponuje zastosować silniki prądu stałego z zamontowaniem enkoderów na śrubie.
To rozwiązanie ułatwi ci znacznie konstrukcję i sterowanie.
Po za tym nie potrzeba tobie sterować prędkością silników tylko odczytać wartość więc byś mógł dobrać odpowiednie parametry co do prędkości i ustawić je na stałe w silnikach DC.
Atmel z podpiętymi enkoderami i prostym sterowaniem silnikami DC (włącz, lewe i prawe obr) by załatwił resztę.