Ciekawy stworek ja niestety nie pomogę, kompletnie nie znam tego typu konstrukcji. Mi się wydaje że to jest wyjątkowo delikatne i problematyczne - jak na pierwszą maszynę, w sumie dziwię się i gratuluję odwagi że się na nią porwałeś. Powodzenia w rozwikłaniu zagadki - zdjęcia na pewno przyciągną innych do pomocy, bo teraz już wiadomo dokładnie o jakim urządzeniu mowa.

Moją wiedzę to przerosło - i to tak ze dwa razy, ale obstawiam że problemem jest ta konstrukcja. Tak jak wielokrotnie mnie tu przestrzegano aby stosować sprawdzone konstrukcje. Daj zdjęcie całej maszyny, bo bez tego nie dojdzie nikt co się tam w niej odwala.

Coś mi się zdaje że w tej Twojej maszynie znajdzie się kapkę więcej takich ciekawych patentów. Dwa silniki w osi Y ? przecież to chodzić ma na prowadnicach, to jest ploter z ruchomym stołem ? czy jakaś inna dziwna konstrukcja ?.
Wywal wszystkie udziwnienia, dodatkowe wiatraczki na silnikach, jeżeli ich tam nie potrzeba itp. Każdy zbędny kabelek = potworek do wywalenia. Skąd pomysł na taką dziwną konstrukcję ?.

Gdybyś pokazał pełne zdjęcie całej maszyny z ruchomym stołem gdzie widać dwa silniki obok siebie - to już dawno ktoś by zwrócił na to uwagę.

Spoko - przejedziesz się na jednej, to kolejną zrobisz lepszą.

Dodane 25 minuty 52 sekundy:
Zobacz sobie na jedną z moich pierwszych maszyn - do pcb nadawała się idealnie, zresztą wiele innych materiałów też na niej obrabiałem. Nie mówię że to właśnie best practices co do tego typu maszyn, ale widzisz - Silniczki nema 17, zwykłe najtańsze sterowniki stepstick, i zasilacz 5A 12V i to wszystko. Tyle że śruba 8x2 - właśnie po to aby wyciągnąć z tego ulepka więcej mocy. Zobacz na inne konstrukcje, takie które do dziś działają - kupa ludzi tutaj fajne rzeczy pokazuje.

moja z 2016 roku

Co to jest za patent na 4 zdjęciu ? stosowałeś dwie nakrętki na jedną oś ?
Jeżeli tak - to może być przyczyną - szczególnie przy śrubie szybszej niż 8x2.

Dodane 5 minuty 7 sekundy:
I jeszcze jedno - ostatnio miałem przypadek że przez brak smarowania śruby - bardzo szybko zjechał się gwint w nakrętce - dawało podobny objaw. Te nakrętki, szczególnie przy małych gwintach - dość szybko siadają. Ja wtedy całkowicie zrezygnowałem ze stosowania śrub 8xcoś. Nie wiem z czego Ci Chińczycy robią te nakrętki - chyba z gliny.

Sprawdź :

Sprzęgła - może zwyczajnie nie trzymają wystarczająco - wtedy nie widać, ale może się zgubić krok - ja tak miałem, zwyczajowo śrub trapezowych nikt nie szlifuje, aby uzyskać lepszy zaczep imbusów w tych aluminiowych sprzęgłach.

Silniki - zamień miejscami. kiedyś kupiłem 4 nowe silniki i jeden z nich miał w środku paproch który raz na czas powodował że silnik tracił kroki - zwyczajnie się na chwilkę blokował.

Łożyska śrub trapezowych - sprawdź czy to wszystko dobrze trzyma śrubę. Nie wiem o jakiej konstrukcji piszesz, bo nie widziałem zdjęć, ale na sterownikach stepstick, silnikach nema17 i śrubie 8x2 ( i dobrze mechanicznie rozwiązanej konstrukcji) to ja aluminium frezowałem, a taki ploterek w pcb to praktycznie wcale siły nie potrzebuje. Jeszcze mi się nigdy nie przydarzyło aby wina była po stronie arduino, czy programu czy sterowników. Zawsze była to wina po mojej stronie, lub tego co śrubę napędzało. To będzie jakaś pierdoła. Zacznij od sprzęgieł i silników. Nie wymieniaj na mocniejsze, bo do pcb siły nie trzeba - no chyba że dałeś śrubę 14 albo 16 licząc na większe prędkości.
Wstaw jakieś zdjęcia maszyny.

A to nie jest tak że zawsze traci krok w jednej i tej samej osi ? zamień te silniki miejscami i dokręć sprzęgła. Rozumiem że bez silnika ta oś chodzi delikatnie tak ? nie ma gdzieś problemu na łożyskach liniowych czy coś ? wszystko powinno chodzić delikatnie. Powyżej pisałeś że wymieniłeś silniki - raczej nie możliwe dwa razy trafić na zrąbany.
Vref stepsticka 1V ? nie za mało trochę ? Przy 12V 5A zasilaczu ustawiałem ponad 1,24 V. Stepsticki się grzały, ale radiatory i chłodzenie wystarczało. Nigdy się żaden mi nie spalił.