No to moje pomysły z generatorem , przy USB, nie zadziałają.

Sorki, ale mogłem pomylić sterownik.
To jest połączenie z komputerem po USB czy LPT ?

Zacznij od prostego kwadratu 40x40.
Co prawda już coś masz skopane na linii komputer-sterownik, jeżeli sygnał z komputera nie przesuwa prawidłowo.
Sprawdź kroki na milimetr.
Jakbyś miał jakiś prosty generator fali prostokątnej ( na przykład na 555), można sprawdzić przejście sygnału na każdą oś.