Rozumiem że muszę ustawić w programie to samo co na sterownikach? Czyli jeśli na sterowniku 1/4 to w programie 200 i 4 ?

Nie musisz, ale dla nas początkujących tak jest najprościej i najłatwiej do ogarnięcia.

Jeśli tak to ustawie tylko jedną oś według tego...

To reszta będzie się poruszać wg. tego co ustawiłeś wcześniej

Wybacz ale jestem samoukiem i nie łapie wszystkiergo odrazu.

Jakieś 3 tygodnie temu byłem na Twoim miejscu, potem wziąłem instrukcje, kable, wkrętak, trochę ściąg z netu, poświęciłem trochę godzin na testy i wszystko zrobiło się dużo łatwiejsze.

Gdybyś nie kombinował z dziwnymi ustawieniami kroków miał byś łatwiej.
Sprawdź jakie masz silniki, ale najprawdopodobniej 200 kroków/obrót.
Minikrok sterownika to jest to co ustawiasz na sterowniku, jedne mają 1/2, 1/4 itp, a na innych napisano ilość kroków i trzeba sobie podzielić (przeważnie przez 200).
Jeśli do tego policzysz zęby na kołach (przy ewentualnym przełożeniu) i dowiesz się jaki skok ma śruba, to po wpisaniu tych wartości nie trzeba będzie nic poprawić.

Tak mi po głowie chodzi czy nie możnaby podpiąć czujnika narzędzia pod bazę zetki i zamienić kierunku pomiaru?

To może zależeć od tego czym sterujesz, ale np w płycie podpinanej pod LPT czujnik bazowania działa tak, że po aktywowaniu zmienia stan z 0 na 1, czyli podaje + na wejście, czujnik bazowania zaś po aktywacji się rozłącza czyli z 1 na 0. Próba ich wspólnego użycia generuje błędy. Teoretycznie da się to zrobić rozdzielając sygnał z czujnika przez przekaźnik, tak, żeby w danej chwili tylko jedno było aktywne, do tego na wejście sondy trzeba by dać bramkę inwertera lub coś takiego na tranzystorze, do sterowania przekaźnikiem musiał byś użyć którejś z komend M z odpowiednim przypisaniem pinu w stepconf.