Wyfrezuj coś i zobacz jaki błąd wyjdzie. Jeśli będzie duży to na początek czujnik zegarowy w łapę (a raczej w statyw) i zmierz luzy nawrotne we wszystkich osiach. Za pomocą dobrej suwmiarki albo też czujnika zegarowego zmierz dokładność śrub.
Z jaką dokładnością ustawiłeś prostopadłość osi?

Jak grochem o ścianę... Pisałem już o dokładności takiej kalibracji. Śruby 4mm skoku, silniki 200 kroków na obrót, podział kroków powiedzmy 1/8. 200*8=1600 kroków na 4mm. 1600/4=400 kroków na mm. Tyle wpisz, bez kombinowania.

Da radę, tylko nie wyciągniesz dużej prędkości. Z tego co kojarzę to zasilacz od Xbox ma kompensacje spadku napięcia na przewodach, więc z 15V powinien dać.
Tylko zobacz jakiego minimalnego napięcia wymaga czerwony chińczyk.

Jeśli mamy mocniejszy sterownik to właśnie 8 przewodowy silnik pozwala nam wybrać czy chcemy mieć większy moment, ale mniejsze obroty maksymalne, czy mniej stabilny moment, ale możliwość osiągnięcia wyższych obrotów.
Pozwala też czasami zakupić tańszy sterownik (np. prąd 2.1A w połączeniu równoległym, zamiast 4.2A). Oczywiście wtedy już nie mamy wyboru odnośnie połączenia.

Dlatego napisałem, że sterownik dopiero później. Na pewno poprawi to dynamikę i kulturę pracy.

Dlatego od początku o to pytałem. Dziwne, że czerwony chińczyk jeszcze nie stanął w płomieniach.
Narysowałeś kwadrat... rysując cienkopisem sama szerokość linii to jakieś 0.2mm, a do tego dochodzi jeszcze błąd pomiarowy. Stąd wyszły Ci jakieś dziwne wartości.
W pierwszej kolejności wywal te silniki i kup np. te z podanej przez Ciebie aukcji. Albo cokolwiek co ma 200 kroków (najlepiej 8 przewodów) i odpowiedni moment. A później wymień sterownik...

Na 99% winna jest więc ta kalibracja. Jak zmierzyłeś odcinek o jaki przesunęła się oś? Skoro podział kroku, silniki i śruby są takie same, to dlaczego wartości są inne?
Nie odpowiedziałeś też na najważniejsze pytanie - jaki sterownik i jak podłączone silniki?
Obstawiam, że jeśli wpiszesz we wszystkich osiach np. 400 kroków/mm (chociaż nie mam pojęcia dlaczego 400), to sześciokąt będzie miał mniejsze różnice w długości boków (spowodowane tylko luzami i niesztywnością mszyny).

Tak w ogóle to udało Ci się znaleźć sterowniki do tych silników? Czy jak je podłączyłeś?
Kolegom chodziło o jak najmniejszy podział kroków, czyli np. 1/2.
Diodas1 dobrze mówi. Wychodzi 1000 kroków na 1mm. Choć nie wiem w jaki sposób byś ustawił sterownik zawsze wyjdzie Ci liczba całkowita przy połączeniu bezpośrednim (bez kół zębatych w stylu 16:15).
Nie mam więc pojęcia dlaczego Mach wyliczył Ci takie wartości. Jak w ogóle działa ta kalibracja w tym programie?
Jaki moment trzymający mają Twoje silniki, wiesz coś na ten temat?

Może jeszcze w ten sposób - jakie silniki, jaki podział kroku i skok śruby?

Zejścia po trzy setki? Ja bym zmniejszył trochę obroty i posów, a zejścia robił większe. Chyba, że chodziło Ci o 0.3mm.