Nie będę na życzenie analizował schematów, płytek, czy tym bardziej programów.
Mogę tylko dodać, że unikając przeprowadzenia pomiarów, bazując na "świeceniu diody" czy wewnętrznych przekonaniach, daleko nie zajedziesz. Zabierając się za pewne rzeczy, trzeba mieć do tego i narzędzia i wiedzę. Takie, żeby umożliwiły dokończenie zadania nie tylko kiedy ma się fart i wszystko szczęśliwie zadziała.
A tak na marginesie, napędzanie maszyny z LPT laptopa nie wróży nic dobrego.

Chodzi o to, że podejrzewam wadę drivera (driverów) polegającą na niedostatecznej kontroli czasowej relacji sygnałów step i dir.
Sądzę, że jeśli zmienia się polaryzacja sygnału dir, driver odnotowuje ten fakt ze zbyt dużym opóźnieniem w stosunku do step. I stąd propozycja żebyś zmienił polaryzację step i w ten sposób zmusił driver do zareagowania na drugie zbocze impulsu. Ale skoro nie działa (dziwne), to nie poradzimy w ten sposób.

Kolejna rada (opieram się na potwierdzonej diagnozie, że przyczyną jest driver nie sterowanie) - trzeba sprawdzić jak wygląda temat wysterowania samych wejść driverów. Między LPT i driverami masz jakąś płytę pośredniczącą. To znaczy powinieneś mieć, bo port może nie mieć wydajności. I teraz pytanie, czy nie ma błędów konstrukcyjnych na połączeniu LPT-płyta oraz płyta-drivery. mam na myśli błędy nieprawidłowych prądów sterowania transoptorami i jakości samych transoptorów, powodujące opóźnienia nawet na poziomie ładnych kilku us. Może po prostu opóźnienie na step jest tak duże, że dir go "dogania" lub nawet wyprzedza. I wtedy pierwszy ruch po zmianie kierunku masz w druga stronę, czyli realnie gubisz 2 impulsy step.
Takie rzeczy należy sprawdzić oscyloskopem. Tylko tak można potwierdzić rzeczywistą poprawność sterowania Bo trochę nie mieści mi się w głowie, że są na rynku jakiekolwiek firmowe sterowniki, które gubią impulsy.

Gdyby się okazało, że faktycznie jest problem z relacjami czasowymi, ale nie da się tego wyeliminować regulacją prądów, to pozostaje prosty układ elektroniczny, który wniesie opóźnienie sygnału step o, na przykład, 10us. Czyli na tyle dużo żeby pomogło i jednocześnie na tyle mało żeby nie zakłóciło kolejnej zmiany kierunku na porcie.

Można też spróbować użyć innego PC, aczkolwiek jeśli to pomoże, to nie znaczy że problem nie wróci.

Zmień TYLKO polaryzację STEP i jeszcze raz spróbuj.

Mam nadzieję, że nerek miejscami sobie na próbę też nie zamieniłeś?
- źle dobrane parametry współpracy driver-silnik
- złe parametry dynamiczne ruchu
- badziewiaste drivery silników
- badziewiaste sterowanie
A ustalić musisz SAM.
Zaplanuj i wykonaj doświadczenia. Takie, które prowadzą do wniosków a nie takie które zabierają tylko czas.

Zgubienie kroków.
Powody możliwe:
- źle dobrane parametry współpracy driver-silnik
- złe parametry dynamiczne ruchu
- badziewiaste drivery silników
- badziewiaste sterowanie