wystarczy dwuuszaty łeb z rozumem.
Nie wiem gdzie to jest w LInuksie ale ze jest to prawie pewne.
Ustawienie że program impuls wysyła jako stan wysoki lub niski zależy od sprzętowego podłączenia sterowników do kompa.
Impuls jet wtedy gdy popłynie prąd przez leda w sterowniku krokowca. No i musisz popatrzeć na swoje kabelki przy jakim stanie wyjścia to nastąpi.

Dodane 17 minuty 18 sekundy:
to znaczy jaki stan wyjścia powinien być aby ten prąd popłynął.
I taki stan (wysoki/niski) ustawić w parametrach programu aby był tym impulsem.

Największe szanse na popierniczenie jest wtedy gdy nie przypilnujesz poziomów sygnałów sterujących sterownikiem krokowca.
Po przetłumaczeniu:
Sprawdź czy zmiana kierunku następuje pomiędzy impulsami kroku czy w trakcie tego impulsu. Bo wtedy co nawrót to krok mniej.