Jiteru się nie "ustawia" - to, w przybliżeniu - wartość maks. odchyłki długości impulsu generowanego przez komputer od wartości pożądanej. Chcesz np. mieć impulsy w równych odstępach po 1ms. Komputer wygenerował serię 1.1ms, 0.7ms, 1.2ms, 0.8ms, 1.2ms ... itd. (wartości bardzo przesadzone ) - średnio 1ms ale każdy ma nieco inną długość - dla silnika krokowego i mechaniki oznacza to że z kroku na krok musi przyśpieszyć/zwolnić. Mierzysz tą wartość przy pomocy "Latency test" - podczas testu powinieneś odpalić jakiś program (np. glxgears) żeby obciążyć komputer i uzyskać najgorszą możliwą (największą) wartość. Podczas konfiguracji podajesz uzyskaną wartość linuxCNC żeby wiedział ile się da wycisnąć z systemu. Możesz oczywiście podać fałszywą wartość - bo np. wynik Latency Test jest poza zakresem - tylko licz się z tym że silniki będą chodziły nierówno albo gubiły kroki.

Wartości przetestowane w stepconfie należy traktować jako "optymistyczne" - stepconf ma statyczne okno i w minimalnym stopniu obciąża system, standardowe ui linuxcnc wyświetla ścieżkę narzędzia w 3d - na słabym komputerze może to spowodować wzrost jittera. Na moim systemie można po dźwięku silników rozpoznać czy pracują pod stepconfem czy pod normalnym ui - żeby nie gubić kroków muszę w praktyce zredukować max szybkość i przyspieszenie o około 20%. Kolejna sprawa - linuxcnc nie lubi mojego kompa z procesorem amd, zdecydowanie lepiej działa na maszynie z procesorem Intel (mimo że - teoretycznie - jest słabsza). Na procesorze amd wartości jittera podawane przez test również były poza zakresem... Kolejna sprawa - miałem problem z kartą dźwiękowa na płycie głównej - musiałem ją wylaczyć w biosie.
W tej chwili linuxcnc nadal narzeka na "unexpected delay" ale poza ostrzeżeniem nie widzę żadnych problemów.
Jeśli chodzi o szybkość - "unexpected delay" nigdy nie redukował ustawionej prędkości - najwyżej silniki zaczynały gubić kroki aż do kompletnego zatrzymania. Jesteś pewny że nie przestawiłes suwaka "speed override"?