Ball bar ma jeden minus : robi się go bez obciążenia.
Miałem kiedyś taki numer że pomiar pokazał ok 0.025 rozbieżności przy bodajże 250mm ramienia czujnika a na płycie ok. 400 kg która jeździła na stole na rozstawach 500 i 700 wychodziło 7 i 9 setek błędu po roztoczeniu otworów.

Pytanie czy frezujesz współbieżnie czy przeciwbieżnie?
Zmierzony na sucho luz nawrotny może być większy pod obciążeniem.
Receptą będzie sprawdzenie i skasowanie luzów na prowadnicach i napędach (nakrętki, łożyska i sprzęgła śrub).
Sprawdź też profilaktycznie podparcie i wypoziomowanie korpusu maszyny bo miałem kiedyś taki przypadek że łoże miało smigło i przez dokładne ustawienie udało się ograniczyć "rozjazdy" na wymiarach o 0.06mm.