Najprostszym rozwiązaniem jest zastosowanie dwóch krańcówek do bazowania tej osi. Jedną z nich możesz przykręcić na stałe, a drugą zrób regulowaną.Pozwoli Ci to na prawidłowe ustawienie bramy.

Pytanie czy program sterujący pozwoli Ci na coś takiego, czy sterowniki silników korzystają z dwóch niezależnych sygnałów sterowania czy tez są spięte równolegle, jakie sterowniki napędzają silniki, czy masz możliwość podłączenia drugiej krańcówki?
Kolejne pytanie, dlaczego tak to Ci się rozjeżdża? Czy sprawdzałeś może obroty tych dwóch silników, ustawienia mikrokroku, itd.
Równie dobrze może być problem z jednym z silników. Jest wiele rzeczy które należało by sprawdzić.