Czy na pewno zmieniasz te wartości we właściwym narzędziu - tj dokładnie tym, którego używasz przy generowaniu programu? Podejrzewam, że korzystasz z imperialnych bo masz posuw XY F2540 (czyli 1000x cal) a F762 (czyli 1000 x cal / 0.33). Dokładnie tak jak w predefiniowanym narzędziu (czyli Z o 1/3 wolniej niż pozostałe osie)

Część programów po zmianie wartości posuwów w tabeli narzędzi wymaga ponownego pobrania go przy generowaniu ścieżek, więc sama zmiana danych narzędzia nie ma efektu we wcześniej zaplanowanej obróbce (i nie ma znaczenia, że generujesz na nowo - musisz pobrać narzędzie aby pobrać domyślne ustawienia).

pomimo prawidłowego i różnego ustawienia prędkości

śmiem wątpić, gdyż w programie XY jest 3x szybsza więc chyba ustawiłeś niezbyt prawidłowo. Nie znam programu VCARVE ale sobie sprawdź parametry feedrate (XY) i plunge (w osi Z) w ustawieniach freza.