Jak zatrzymujesz maszynę? Z MACHA czy jest jakiś dodatkowy przycisk, który obsługiwany jest przez kontroler? Akurat nie miałem styczności z połączeniem maszyny przez USB ale nie jest czasem tak, że program jest ładowany do bufora kontrolera więc to co się wykonuje nie musi odpowiadać temu co pokazuje mach?
Czy po wciśnięciu stop:
- maszyna zatrzymuje się od razu?
- koordynaty nie lecą jeszcze przez moment?
Co się stanie jak zadasz długie przejście jednym rozkazem G1/G0 i zatrzymasz maszynę w połowie ruchu? Gdzie będzie punkt 0?
A "trzepanie" również może być wynikiem wolnego transferu po kablu USB - dane nie trafiają do kontrolera tak szybko, jak maszyna je potrzebuje. Spróbuj przełączyć częstotliwość na 25000Hz (o ile dobrze pamiętam wystarczy potem restart MACHA ale niech mnie ktoś poprawi - dawno na tym programie nic nie robiłem). Da się temu zaradzić z poziomu postprocesora, tak aby robił dłuższe wektory (traci się na dokładności) - nie wiem czy artcam ma taką opcję.

sprawdź to sprzęgło lub paski.
Może jakieś zdjęcia? Jaka płyta?

1. Jeśli maszyna jest na silnikach krokowych to po wyłączeniu zasilania silniki "wracają" do pełnego kroku. Dokładniej (choć wciąż łopatologicznie) to prąd nie trzyma już wału silnika a po włączeniu zasilania nie zacznie się obróbka od 1/2 1/4 1/8 czy jak tam miałeś ustawione ale właśnie od 0 (ten problem wystąpi jeżeli nie bazujesz maszyny ponownie)
2. Jeżeli bazujesz maszynę ale masz to zrobione na czujnikach indukcyjnych to ich działanie nie jest dokładne i przy każdym uruchomieniu punkt 0 maszyny jest nieco inny (chyba, że masz dodatkowo indeks referencyjny na każdym wale).
Ten sam problem jest jak się "wbije grzyba".
Rozwiązanie:
- trzeba bazować za każdym razem (a przy długim programie bazę należy również dobierać pod kątem ponownego pomiaru, więc lepiej jak nie zostanie ścięta...)
- jeżeli nie ma gdzie tej bazy zrobić, uruchom program w trybie jednej linii, sprawdź czy frez znajduje się w miejscu w którym poprzednio skończyłeś i ewentualnie skoryguj.

powyższe dotyczy jeżeli wyłączyłeś maszynę w trakcie robienia tego okręgu. W innym wypadku:
- za szybka praca i silnik gubi kroki (lub za ostro w materiale ale nie sądzę patrząc na to co jest obrabiane) - częste
- luz na sprzęgle i obróciło wał silnika a śruby nie
- luźne (zużyte paski)
- luźne łożyska śruby - częste