Na ten problem mogą się składać tylko dwa czynniki, mianowicie błędne mierzenie narzędzi lub błędne mierzenie bazy. Osobiście stawiam na błędny pomiar bazy. Jak narzędzie masz zmierzone to wczytaj jego geometrię w MDI poprzez komendę np. T0101 i nie resetując zrób jeszcze raz pomiar bazy. Prawdopodobnie podczas pomiaru bazy nie masz wywołanej geometrii narzędzia i stąd masz te problemy.