Silnik może mieć zbyt dużą indukcyjność. Czas narastania prądu do wartości progowej komparatora jest większy niż okres PWM. Zastosuj silnik o niższym napięciu nominalnym lub podnieś napięcie zasilające.

Myślę, że czas zmienić strategię lub zrewidować algorytm i tablicę kroku. Komparator włącza się kiedy prąd osiągnie amplitudę, która przewyższy napięcie odniesienia. Następnie CPU musi natychmiastowo wyłączyć mostek sygnałem np. E1. Od tej chwili prąd fazowy powinien zacząć się zmniejszać dwa razy wolniej niż narastał, gdyż mamy do czynienia z wolnym gaszeniem (slow decay), które odbywa się przez diody relaksacyjne. Zmniejszanie prądu będzie występowało do chwili rozpoczęcia kolejnego okresu PWM.

Jako zmianę strategii rozumiem przyjęcie trybu pracy PWM ze stałym czasem wyłączenia (fixed off time).

Najwyraźniej wypełnienie przebiegu dla większych wartości prądu jest za małe i dla tego komparator "chwyta" co drugi takt, przez co pracujemy faktycznie na 10kHz co wyraźnie słychać. Najsprawniejsze układy choppera są rozwiązanimi sprzętowymi. Postudiuj aplikacje AllegroMicro, tam znajdziesz sporo działających i sprawdzonych rozwiązań.

L298 nie jest chopperem a jedynie mostkowym stopniem mocy.
Programowa obsługa choppera jest możliwa ale kod musi być zoptymalizowany pod kątem przyjęcia i natychmiastowej obsługi przerwania od komparatora prądu. W innym wypadku PWM będzie się wzbudzał. Jeśli sterownik obsługuje mikrokrok, to Kolega musiał użyć przetwornika DA. Proszę przybliżyć konfigurację sprzężenia prądowego, może tam być błąd. Najlepiej jeśli udało by się zrobić zdjęcie oscyloskopowe.
L298 przy obciążeniu znamionowym grzeje się bardzo mocno. Potrzeba naprawdę duży radiator, który odprowadzi 25W mocy.