BD911 to zwykłe tranzystory mocy o wzmocnieniu prądowym ok. 100, natomiast wzmocnienie TIP122 wynosi przynajmniej 1000, podobnie jak kluczy we wnętrzu SLA.
Prawdopodobnie Kolega nie zastosował oporników podciągających na wyjściach procesora, przez co nominalna ich wydajność była zbyt mała do wysterowania BD911. Dla tego tranzystory nie wchodziły w nasycenie i traciły dużo mocy, grzejąc się.
Proszę publikować schematy zamiast pisać "Podłączyłem silnik pod mikrokontroler atmega. Podłączenia silnika są zgodne ze specyfikacją producenta." - unikniemy wówczas jasnowidztwa.

Silniki o tak małej rozdzielczości były stosowane w starych dalekopisach, bądź do przesuwu papieru w drukarkach. Zwykle współpracowały z przekładnią, więc ich dokładność pozycjonowania nie miała większego znaczenia.
Możesz ewentualnie sprawdzić oporność poszczególnych odczepów uzwojeń, żeby wykluczyć ich uszkodzenie. Jeśli silnki obracany palcami też wykazuje "asymetrię", to pewnie taką ma urodę.