Wejdź w menu: Widok->Złącze...
I sprawdź czy zmienia się stan linii gdy aktywujesz krańcówkę ręcznie.
Ponadto napisz, której wersji cncGraf używasz.

btw, myslę, że problem tkwi w tym wpisie:
<AxisZ>
<AreaMonitoring>false</AreaMonitoring>

Zmień wartość na true i napisz czy pomogło.
Jakby co - pisz na gg.