Nie bardzo rozumiem jak miałoby to pomóc. Program się wgrywa do pewnego rozmiaru i tyle. Z tego co się dowiedziałem to problem jest w bootloaderze. Mógłbym wgrać oryginalny ale już mi się nie chce bo kupiłem kilka sztuk oryginalnych UNO R3 po 59PLNów No i działa bez problemu.
Aha, problem występował również z ESTLCAM i również już nie występuje

No nie. Połączyłem krańcówki szeregowo tak, że są normalnie zwarte. naciśnięcie krańcówki rozpina obwód. Natomiast grbl, bez względu na ustawienia, zawsze traktuje krańcówki jak normalnie otwarte czyli natychmiast wykrywa uaktywnienie krańcówki. Moja wersja grbl to chyba 0.9g. Żadna późniejsza nie mi się wgrać do arduino. To kolejny problem ale wynika chyba z tego, że nie mam oryginalnego arduino tylko klon od WaveShare i podobno bywają takie problemy bo jest inny bootloader. Nie wnikałem, nie chce mi się. I tak będzie to chodzić na nucleo a arduino podłączyłem tylko dlatego że się doczekać nie mogłem pierwszego posuwania

Tak, mam po dwie krańcówki i połączyłem je w szereg w trybie NC. I przestawiając tryb pracy wejścia nie mam żadnych zmian. Owszem w ustawieniach się zmienia ale działa zawsze jako NO, nawet po resecie.
Mam UNO ale nie oryginał tylko klon od WaveShare ale to nie ma tutaj znaczenia.
GRBL shield ale równie dobrze mógłbym go niemieć. Taki :

A gdzie tu mowa o 2 albo 4? W masce jest ustawiony drugi bit a nie wartość 2. Jest dobrze. Drugi bit (licząc jak człowiek trzeci) odpowiada za oś Z.
Jak chcesz zamieniać przewody to możesz a może nawet powinieneś bo grbl nie jest taki cudowny jak go wielu chwali. Właśnie jestem na bieżącą ale niestety z wersją 0.9g. Pipeprzy się to trochę, może 1.1 jest lepsza.
Wracając do przewodów to trzeba zamienić pary miejscami. Oczywiście przy wyłączonym zasilaniu sterownika. Przewody masz podłączone np.tak: "1 2 3 4" to zmień na: "3 4 1 2". Te cyfry to po prostu kolejność przewodów w złączu. To na pewno odwróci kierunek pracy silnika tylko pamiętaj żeby równocześnie nie zmienić maski $2
To, że w grbl jakieś ustawienie nie działa to całkiem prawdopodobne. U mnie np. za cholerę nie mogę odwrócić wejścia krańcówek. Zawsze są NO.