To nie jest zasilanie logiki tylko sterowanie transoptorami.
Logika działa mimo, że może nie być podłączone napięcie do wejścia żadnego transoptora.
Nie ma znaczenia czy na stałe podłączysz masę czy plusa - w transoptorze ma się "zaświecić" diodka aby włączyć tranzystor a do tego musi popłynąć prąd przez diodę i tyle.
Logika "zasila się sama" w tym sterowniku z tego samego źródła co silniki czyli w Twoim przypadku z transformatora..
Co do ENA to kolejny sterownik, który traktuje ten sygnał odwrotnie.
ENA to chyba skrót od ENABLE czyli UMOŻLIWIAĆ at się okazuje, że jak się "włączy" to wejście to wtedy nie umożliwia. To się powinno nazywać DIS. Czy producenci tych sterowników nie wiedzą co piszą na obudowach czy ja czegoś nie rozumiem?

A co do Twojego problemu to na odległość ciężko będzie stwierdzić co w nim padło bo padło coś w nim.
Jakby to mieć w łapach to można popatrzeć, powąchać, polizać...
Może jakieś zimne luty albo transoptor od ENA zwalony. Może być, że po włączeniu zasilania pojawia się napięcie sterujące na nóżce sterownika (tego w środku sterownika) a po wysterowaniu innego wyjścia to napięcie znika bo np. nóżka wisi w powietrzu i zbiera śmieci z otoczenia. Takie to wróżenie z fusów ale co zrobić...

Nie wiem jak w tym sterowniku jest z ENA. Czy jest zanegowane czy nie ale jeśli nie to musisz podać napięcie na ENA żeby sterownik działał.

Masz tylko jedną sztukę?
Masz jakiś miernik żeby posprawdzać co się dziej na płytce?

A masz jakieś źródło 5V? Jeśli tak to spróbuj ręcznie zapodać sygnały na M545 i może w ten sposób wykluczysz sterownik albo laptopa.