Dlaczego prowadnice na jednej stronie belki?
Bo obrabia się tylko jedną stronę. Raz się ustawiam do roboty - płacisz za czas ustawienie + obróbka. Jak muszę obrobić 4 strony to muszę się ustawiać 4 razy - nie ma siły, płacisz za mój czas kiedy "kręcę korbką" i gapię się w czujniki zegarowe. Mówię o najprostszym przypadku maszyny 3 osiowej, na pięcioosiowej można rzeczywiście ustawić raz, ale w czasie robienia programu trzeba trochę bardziej uważać. No i obróbka więcej kosztuje. Chyba że duża czteroosiówka i podparcie za końce, ale wtedy w grę wchodzą ugięcia...

Dlaczego zetka z prowadnicami i wózki na krzyżaku?
Jedną z odpowiedzi jest przestrzeń robocza w osi Z. Mając prowadnicę zespoloną z wrzecionem, dostajesz więcej miejsca na przyrządy mocujące. Podnosząc oś Z, masz więcej dystansu od stołu co oznacza że obrobisz wszystko, nad czym przejedzie wrzeciono (oczywiście, jeśli czoło wrzeciona wystaje poniżej prowadnic). W układzie gdzie prowadnice są zespolone z wózkiem osi poziomej, ograniczasz sobie przestrzeń do tej poniżej płyty. Podniesienie wrzeciona nie spowoduje że przejedziesz dalej nad wysoki detal, bo niby narzędzie się zmieści, ale konstrukcja za wrzecionem może już to uniemożliwić.

Oczywiście to tak ogólnie, dla maszyny ogólnego przeznaczenia hobbystycznego ale każdy przypadek specjalizacji maszyny powinien być rozpatrywany osobno; być może do danego zadania lepszy będzie inny układ kinematyczny.