Nie rozumiem po co chcesz to zmieniać. Przyzwyczaj się do tego, będzie łatwiej niż zmieniać i szukać jakichś parametrów maszyny które za to odpowiadają.
U mnie w robocie mamy maszyny, które w trybie JOG działają dwojako, na jednych naciskając przykładowo przycisk X+ stół przesuwa się w tym kierunku, czyli siłą rzeczy współrzędne na wyświetlaczu idą w X- (na wyświetlaczu zawsze są przedstawione współrzędne wrzeciona w stosunku do stołu), na innych zaś wrzeciono odgrywa główną rolę, i względem niego przesuwany jest stół, czyli naciskając przycisk X+ (który zresztą znajduję się po prawej stronie po środku na klawiaturze) zmieniają się współrzędne X na plus, czyli zgodnie z przyciskiem, jednak kierunek przesuwania stołu jest w przeciwną stronę niż wskazuje pozycja przycisku odpowiadającego za ruch w danym kierunku (jeśli przesuwamy się stołem, nie wrzecionem; w tym drugim przypadku - skrajnym i chyba rzadko spotykanym wszystko jest na swoim miejscu i wszystko pasuje).
Przyzwyczajenie się do orientacji oraz typu ruchu na każdej z maszyn nie zajmuje dużo czasu, i wątpię w zasadność zmiany tego typu rzeczy.